Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

Obszary Natura 2000 stanowią 40 proc. gruntów w zarządzie Lasów Państwowych, zajmują ponad 2,8 mln ha

Na terenie kraju obecnie jest wyznaczone 145 obszarów specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 864 obszary ochrony siedlisk (SOO). Pokrywają one ok. 20 proc. powierzchni kraju.

Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Przeczytaj więcej o sieci Natura 2000.

Na obszarze Nadleśnictwa Limanowa istnieje 7 obszarów sieci Natura 2000, wszystkie to specjalne obszary ochrony siedlisk.

Ostoja Gorczańska (PLH120018) – obszar ochrony siedlisk o powierzchni 17998 ha, z których 2 583 ha znajduje się w zarządzie Nadleśnictwa Limanowa. Teren w większości leśny. Występują tu kwaśne i żyzne buczyny karpackie, jaworzyny, górskie bory świerkowe oraz łęgi olszowe. Wśród siedlisk nieleśnych wyróżniają się ziołorośla górskie i cenne zbiorowiska łąkowe.

Luboń Wielki (PLH120027) – utworzony w masywie Lubonia Wielkiego, częściowo na obszarze niszy osuwiskowej i jęzora osuwiskowego (2.5 ha) oraz, wyjątkowego w Beskidach Zachodnich, gołoborza (0.5 ha). W pobliżu liczne jaskinie. Teren pokryty w większości (90%) roślinnością leśną: buczyną karpacką oraz dolnoreglowym borem jodłowo-świerkowym. Na osuwisku rozwinęła się charakterystyczna roślinność osuwiskowa z zanokcicą północną. Całość obszaru (33,53 ha) znajduje się na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo.

Uroczysko Łopień (PLH120022) – chroni osuwiskowe zbocze masywu Łopienia, z pseudokrasową jaskinią (dł. 400 m, głęb. 19 m, szer. do 40 m), utworzoną w gruboziarnistych piaskowcach magurskich, będącą największym w Polsce miejscem hibernacji nietoperza – podkowca małego. W otoczeniu żyzna buczyna karpacka oraz torfowisko z rosiczką okrągłolistną. Dla obszaru ustanowiony został plan zadań ochronnych. Niemal całość obszaru (42,69 z 44,52 ha) znajduje się na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo.

Lubogoszcz (PLH120081) – obszar leży w obrębie szczytu góry Lubogoszcz, o stromych, porozcinanych jarami zboczach. Na silnie szkieletowych glebach wykształciła się jaworzyna z języcznikiem, zespół typowy dla stoków z przemieszczającym się rumoszem skalnym, oraz żyzna buczyna karpacka. Całość obszaru (17,13 ha) znajduje się na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo.

Ostoje Nietoperzy Beskidu Wyspowego (PLH120052) – 11 enklaw o łącznej powierzchni 5705 ha (z czego na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo - 1034,73 ha). Obszar obejmuje obiekty będące obszarami rozrodczymi i żerowania podkowców małych, nocków dużych i nocków orzęsionych. Wśród obiektów znajdują się m. in. : Klasztor w Szczyrzycu oraz kościoły m.in. w Skrzydlnej, Słopnicach, Nowym Rybiu.

Tarnawka (PLH120089) – położony na obszarze gór niskich i pogórza, siedliskowy obszar o powierzchni 140 ha (na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo - 3,46 ha), chroniący fragment zlewni potoku Tarnawka. W dobrze zachowanym korycie liczne meandry, usypiska żwirowe, łachy, skarpy, starorzecza i oczka wodne, z charakterystyczną dla tych form roślinnością. Brzegi oraz fragmenty nadrzecznej terasy porośnięte pionierską roślinnością kamieńców, ziołoroślami oraz zaroślami wierzbowymi i lasami łęgowymi. Na otaczających dolinę zboczach buczyny oraz łąki użytkowane ekstensywnie.

Łososina (PLH120087) – specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 345 ha (na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo - 0,31 ha), stworzony w celu ochrony ryb: łososia atlantyckiego, piekielnicy, świnki, głowacza pręgopłetwego, brzanki, pstrąga potokowego, śliza, strzebli potokowej i klenia. Drugim celem jest zapobieganie degradacji dwóch rzadkich w skali Europy nadrzecznych zbiorowisk wierzb wąskolistnych: zarośli wierzby siwej na kamieńcach i żwirowiskach górskich potoków oraz łęgów wierzbowych, a także równie rzadkiego łęgu topolowego. Dla obszaru ustanowiony został plan zadań ochronnych.