Na terenie Nadleśnictwa Limanowa znajdują się 4 rezerwaty przyrody:

Rezerwat przyrody „Kostrza" – rezerwat leśny o powierzchni 38,56 ha, utworzony 4 stycznia 2001 roku. Położony jest na północnych stokach góry Kostrza (730 m n.p.m.). Przedmiotem ochrony jest stanowisko języcznika zwyczajnego oraz dobrze zachowanych starodrzewi buczyny karpackiej i jaworzyny górskiej.

Rezerwat przyrody „Śnieżnica" – rezerwat leśny o powierzchni 24,92 ha, ustanowiony 30 grudnia 1968 roku. Zlokalizowany jest na stromym, północnym stoku góry Śnieżnica (1006 m n.p.m.). Przedmiotem ochrony są naturalne zespoły żyznej buczyny karpackiej i ubogiej buczyny górskiej.

Rezerwat przyrody  „Luboń Wielki" – rezerwat przyrody nieożywionej o powierzchni 35,24 ha, powołany 15 lipca 1970 roku. Położony jest na stromych, południowo - wschodnich stokach Lubonia Wielkiego (1022 m n.p.m.). Przedmiotem ochrony są: osuwisko fliszowe z bogactwem form skalnych oraz naturalne drzewostany jodłowo - bukowe.

Rezerwat przyrody "Mogielica" - rezerwat leśny o powierzchni 50,55 ha, utworzony 11.03.2011 roku.  Położony jest w przyszczytowej partii najwyższego szczytu Beskidu Wyspowego - Mogielicy (1171 m n.p.m.).  Posiada otulinę o powierzchni 94,20 ha. Celem ochrony w rezerwacie jest zachowanie, ze względów przyrodniczych, naukowych i krajobrazowych, najwyższego szczytu Besku Wyspowego wraz ze zróżnicowaniem flory i fauny oraz zbiorowisk roślinnych występujących przy piętrze reglowym.